Fue antes de la conquista que llegaron a estas tierras ricas en flora, fauna, agua y planicies grupos Otomies, ellos decidieron asentarse en este lugar, puesto que tenían un control visual de toda la región, tanto por el oriente, poniente y norte podían observar movimientos de otros asentamientos vecinos, su único impedimento visual era el sur, lugar por el cual se cree que llegaron grupos totonacas y los expulsaron de lo que ya habían edificado, chosas, granjas y pequeños centros ceremoniales, el principal se cree que se encuentra justo debajo de la parroquia erigida a San Francisco de Asís.
Poco después de la caída de Tetelictic (Teteles), fueron sometidos por la Alianza de los Señores de México – Tlacopan y Texcoco, quedando bajo el control tributario del Señorío de Tlatlauquitepec, ellos, al igual que los asentamientos vecinos, debían pagar en tributo alfareria, piedras talladas en honor a los dioses del las culturas que los sometieron, artesania talladas en madera, plumas, pieles y fruta.
Los españoles conquistaron Atempanapan en 1522, en donde se comenzó a construir una alcaldía mayor, pasando a los conquistados al régimen de encomenderos en domicilios de toda la región, posteriormente, en 1792 pasó a formar parte de la alcaldía de Puebla, también fue parte del antiguo distrito de Teziutlan en 1831 para pasar a formar parte del distrito de Tlatlauquitepec en 1862. Fue en 1895 que se erige como municipio libre.
Los pobladores de Atempan han participado en diversos movimientos armados de México, algunos participaron en el carrancismo y zapatismo, participaron contra los franceses en 1862, al mando del Coronel Andres Mirón, fueron activistas en los movimientos textileros en la primer mitad del siglo pasado.
Dentro de sus danzas autóctonas se encuentran la «flor» y el «Xochipitzahuatl», mismas que se ejecutan en ceremonias religiosas, en las cuales se puede observar a los Tocotines, Santiagos, Quetzalines, Negritos y Toreadores.
Es uno de los asentamientos mas antiguos de la región, se puede apreciar aun la antigua vestimenta de manta, los chales bordados, el comercio de trueque, la elaboración de vinos «licores» de manzana, higo y ciruela. Es uno de los pocos pueblos de la región en donde se puede apreciar en su cultura la fusión de lo prehispánico y colonial.
Actualmente es un municipio en crecimiento, incluso mas que sus pueblos vecinos, se pueden apreciar mejoras sustanciales en infraestructura y comercio, teniendo una de las plazas semanales mas grandes, al igual que su feria de semana santa, la cual puede llegar a ser en algunas ediciones mas grande que la de Teziutlan, trayendo a su exposición ganadera expositores de toda la región, incluso de otros estados
